Пришел сегодня коллега с проблемой: в процессе обновления завис yum, а после рестарта виртуалки случился kernel panic на старте. И если рабочую систему мы получили, просто загрузившись с предыдушей версии ядра, то проблемы с менеджером пакетов решали еще некоторое время. А проблема оказалась такая: при попытке совершить любые действия с пакетами yum находил вагон и маленькую тележку пакетов в состоянии duplicate. Аналогичный результат выдавал и yum check. Выискивать и удалять полторы сотни дубликатов руками - не вариант.
После некоторого количества изысканий пришли к следующему решению:
# package-cleanup --cleandupes --skip-broken
# yum clean all
# yum update